当研究所主要事業の鯨類捕獲調査事業は、1987年の当研究所発足時に第一期南極海鯨類捕獲調査(JARPA)、1994年には第一期北西太平洋鯨類捕獲調査(JARPN)が開始され、それぞれ2005年と2000年に第二期調査へと拡充しました。 その後鯨類科学調査事業として、2015年からは新南極海鯨類科学調査(NEWREP-A)、2017年からは新北西太平洋鯨類科学調査(NEWREP-NP)を行ってきました。 これら調査で捕獲した鯨体は、国際捕鯨取締条約第8条2項により有効利用を図るべきことになっており、生産された調査副産物は、政府の指導の下で国内で販売され、取得金は次期事業の調査費用に充当されました。 この副産物の販売に当たっては、当研究所が政府の指導の下で、諸機関の助言や援助を受けて、広く国民に行き渡るよう努力を行ってきましたが、2019年7月1日からの商業捕鯨再開にともなって鯨類科学調査事業が終了し、2020年3月をもって調査副産物の販売は終了いたしました。